본 발명은 모터 제어기의 외란 보상 시스템에 관한 것으로서, 더욱 상세하게는 영구자석형 동기모터의 작동 안정성을 보장하는 동시에 노이즈를 감소시킬 수 있는 모터 제어기의 외란 보상 시스템에 관한 것이다.이를 위해, 본 발명은 모터에 대한 전류명령치와 모터의 실제 출력전류 간의 차이를 고려하여, 모터에 입력전압을 인가하는 컨트롤러와; 상기 컨트롤러로부터의 입력전압에 따른 모터 출력전류를 출력하는 모터 모델부와; 상기 모터 모델부의 역모델로 구축되어, 컷오프주파수를 이용한는 미분을 통하여 전류 노이즈를 제거하는 외란관측부와; 상기 외란관측부에서 추정된 외란을 기반으로 외란 보상량을 결정하는 외란보상량 결정부; 를 포함하여 구성된 것을 특징으로 하는 모터 제어기의 외란 보상 시스템을 제공한다.