본 발명은 약물의 구조 정보를 이용하여 약물-약물 상호작용 및 약물-음식 상호작용을 예측하는 방법에 관한 것으로, 더욱 자세하게는 정형화된 문장으로 표현되는 상호작용 예측 결과를 통해 약물 상호작용의 작용 기전 및 활성을 예측하는 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따른 약물 상호작용 예측 방법을 이용하면 신속하고 정확하게 약물 상호작용을 예측할 수 있고, 특히 예측 결과를 문장으로 표현함으로써 미지의 화합물의 활성 정보도 예측할 수 있으므로, 부작용을 유발하지 않으면서 원하는 활성을 나타내는 약물을 개발하는데 매우 유용하다.