본 발명은 병원성 미생물체에서 약물 표적을 예측하는 방법에 관한 것으로, 보다 구체적으로는 대상 미생물을 선정하고, 선정된 미생물의 대사 네트워크 모델을 구축한 다음, 쵸크포인트 분석(chokepoint analysis), 필수 효소 반응식 분석 (single enzyme deletion), 필수 대사산물 분석 (metabolite essentiality)의 세 가지 시뮬레이션 방법을 각각 대사 모델에 적용하여 약물 표적들을 예측하고, 나아가 상기 쵸크포인트 및 필수 효소 반응식 중 서로 중복되는 효소 반응식 그룹; 및 상기 필수 대사산물(essential metabolite)을 소비하는 효소 반응식(outgoing reaction) 그룹으로 차기 가능성 있는 후보군으로 수를 줄인 다음, 이들을 다양하게 조합하여 네트워크 구조 분석을 수행한 결과를 평가하여 이상적인 조합을 추려내어 효율적인 병원균 약물 표적 조합을 예측하는 방법에 관한 것이다.병원균, 대사흐름분석, 플럭스 섬, 필수 효소 반응식, 필수 대사산물, 쵸크포인트, 약물 표적, 약물 표적 조합