본 발명은 프로테아제에 의한 목적단백질의 분해를 방지하기 위하여 유효량의 작은 열 충격 단백질 (sHSPs)을 첨가하는 것을 특징으로 하는 목적단백질의 분리·정제방법, 목적단백질의 제조방법 및 전세포(whole cell) 효소 또는 부분정제된 효소를 이용한 효소반응 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따르면, 목적단백질의 제조를 위한 배양공정 및 목적단백질의 분리·정제공정에 sHSPs를 첨가할 경우, 프로테아제에 의한 단백질 손실을 방지함으로써 높은 수율로 목적단백질을 수득할 수 있다. 또한, 전세포(whole cell) 효소 또는 부분정제된 효소를 이용하는 반응공정에 sHSPs를 첨가할 경우, 프로테아제에 의한 효소의 손실을 방지함으로써 효소반응의 수율을 높일 수 있다. sHSP, 단백질, 분리, 정제, 효소 반응