본 발명은 폴리하이드록시알칸산(polyhydroxyalkanoic acid)의 생산균주로부터 세포물질 소화(digestion)에 의한 생분해성 고분자 폴리하이드록시알칸산의 분리방법에 관한 것이다. 좀 더 구체적으로, 본 발명은 플리하이드록시알칸산의 생산균주 특히 재조합 대장균과, 산, 알칼리 또는 계면 활성제와 같은 저가의 화합물을 혼합 및 반응시켜 세포내 축적된 폴리하이드록시알칸산을 간단하고도 경제적으로 분리하는 방법에 관한 것이다. 본 발명의 방법은 회수를 위한 재료비와 사용후 처리 비용이 적은 화합물을 이용하여, 우수한 순도와 회수율의 폴리하이드록시알칸산을 제공하므로, 간단하면서도 경제적인 폴리하이드록시알칸산의 분리 방법이다.