본 발명은 대사흐름 분석을 이용한 유용물질 생성 생물의 개량방법에 관한 것으로, 보다 구체적으로는, 유용물질 생산을 위한 대상생물의 대사회로 모델에서, 유용물질의 이론적 최대수율인 최대값과, 발효데이터의 적용 또는 미적용 조건에서성장관련 대사흐름의 값이 최대일 때 유용물질의 생산관련 대사흐름의 최적값을 구하고, 그 최적값과 최대값 사이의 구간에서 대사흐름값의 절대값이 증가하는 대사흐름 및 그 대사흐름에 관련되는 유전자를 선별하고, 이를 도입 및/또는 증폭함으로써 유용물질 생성 생물을 개량하는 방법에 관한 것이다.본 발명에 따르면 게놈 수준의 대사회로모델이 구축된 유용물질 생산을 위한 대상 생물에서, 생산관련 대사흐름의 최적값과 최대값 사이의 구간에서 증폭대상 대사흐름 및 그 대사흐름에 관여하는 유전자를 선별하고 이를 도입 및/또는 증폭함으로써 유용물질의 생산성을 효과적으로 향상시킬 수 있다.