본 발명은 박테리아에서, 포도당 인산전이효소(glucose phophotransferase) 유전자(ptsG)와 두 개의 파이루베이트 키나제(pyruvate kinase) 유전자(pykA, pykF)가 모두 결실되어 있는 신규 변이균주, 상기 변이균주를 혐기적 조건에서 배양하는 것을 특징으로 하는 숙신산의 제조방법 및 상기 변이균주를 호기적 조건에서 배양하는 것을 특징으로 하는 아미노산의 제조방법에 관한 것이다. 본 발명에 따른 대장균 변이균주는 대사흐름 조작에 의해 혐기적 조건에서는 숙신산을, 호기적 조건에서는 L-메치오닌을 고수율로 생산할 수 있어, 숙신산 및 L-메치오닌의 산업적 생산균주로 유용하다.