본 발명은 고수율의 순수한 숙신산 생산 변이균주 및 이를 이용한 숙신산 제조방법에 관한 것으로, 보다 구체적으로는 숙신산 생산 미생물에서 젖산 탈수소화효소 유전자인 ldhA와 아세트산 키나제 유전자인 ackA를 결실시킨 변이 균주 및 이를 혐기조건하에서 포도당을 탄소원으로 사용하여 순수한 숙신산을 고수율로 제조하는 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따른 변이 균주는 발효를 통한 숙신산 생산 시 부산물로 발생되는 각종 유기산들을 매우 효율적으로 차단할 수 있기 때문에, 숙신산을 고수율로 생산하는데 유용하다.