본 발명은 광화학 반응을 이용한 목적유전자 또는 그 라이브러리로 클로닝된 미생물의 선별방법에 관한 것으로, 더욱 상세하게는, hemH 유전자를 함유하는 플라스미드 및 hemH 유전자가 결실된 광민감성 변이 미생물을 제조하고, 상기 제조된 플라스미드에 목적유전자 또는 그 라이브러리를 클로닝하여 재조합 플라스미드를 수득한 다음, 상기 제조된 변이 미생물에 상기 재조합 플라스미드를 삽입한 후, 항생제를 함유하는 배지에 광을 조사하면서 배양하는 것을 특징으로 하는 클로닝된 미생물을 선별하는 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따르면, 목적유전자 탐색시 원하는 유전자 단편 또는 그 라이브러리가 클로닝된 유전자만을 광화학반응, 즉 광원 조사만을 이용하여 간단하게 선별할 수 있다.