GO 개념간의 의존 관계와 정의와의 연관성 자동 파악

Abstract

Gene Ontology는 유전자들의 기능을 기술하는 어휘들의 구조화된 모음이다. 이들 개념과 관련된 유전자 쌍들의 모음을 Gene Ontology Annotation (GOA) dataset이라 부른다. 이 자료는 특정 기능에 관련된 유전자들을 찾거나 실험 결과를 분석하는데 사용된다. 이 자료에는 추가로 유도될 수 있는 쌍들이 존재하는 것으로 알려져 있어서 이들 쌍을 유도함으로써 이 자료의 활용성을 높일 수 있다. 이들 쌍을 유도하는 방법으로 의존 관계를 사용할 수 있는데, 본 연구에서는 이들 의존 관계를 자동으로 구성하는 방법으로 개념들의 정의를 사용한다. 이는 정의가 관계들을 제시할 때에 의존 관계들을 추려낼 수 있도록 관계의 의미도 같이 제시하기 때문이다. 본 연구에서는 정의에서 의존 관계를 구성하기 위해서 정의와 이미 표현되어 있는 의존관계와의 연관성을 조사하고 이렇게 식별한 연관성들을 이용하여 새로운 의존 관계들의 후보를 찾아낸다. 연관성 조사에서는 표현된 의존 관계가 정의로부터 구성될 수 있음을 알 수 있었다. 또한 의존 관계가 정의간의 관계와 정의와 개념간의 관계로 제시될 수 있음을 알 수 있었다. 이 식별한 연관성은 새로운 의존 관계를 찾는데 사용된다. 이렇게 찾은 새로운 의존 관계의 후보는 GOA dataset을 토대로 볼 때 의존 관계의 가능성이 높은 것으로 판정되었다. 본 연구에서는 이처럼 식별한 연관성이 새로운 의존 관계를 찾는데 유용할 수 있음을 보였다.