유도분극 스펙트럼 분석기법을 이용한 미생물 모니터링 시스템 및 그 방법이 개시된다. 이 시스템은 미생물 배양액이 주입되는 시료가 포함되고, 양단에 전류 전극이 포함된 시료 셀, 상기 시료 셀의 측면에 설치되어 상기 시료 셀의 전위를 측정하는 복수의 전위 전극, 그리고 상기 전류 전극 및 상기 복수의 전위 전극과 연결되어 상기 전류 전극에 의해 생성된 교류 전원이 상기 시료에 공급되어 발생하는 저항 및 위상각을 상기 전위 전극으로부터 측정하고, 상기 저항 및 위상각으로부터 상기 시료의 복소 전기전도도 및 이완 시간을 측정하는 측정부를 포함하고, 상기 측정부는, 시간에 따른 상기 미생물 배양액의 농도 증가에 따른 상기 저항과 상기 위상각의 변화를 토대로 상기 시료의 복소 전기전도도 변화 및 상기 이완 시간의 이완 거동(relaxation behavior) 변화를 측정하고, 상기 복소 전기전도도 변화 및 상기 이완 거동 변화를 기초로 토양 내 미생물 생장 및 부산물 생성을 실시간 모니터링한다.