본 발명은 3D 나노프린팅 펜에 관한 것으로, 좀 더 상세하게는 미세수준(nanoscale and microscale)에서의 전기화학 반응을 이용하여 나노미터 수준의 좁은 영역에서 3D 프린팅을 구현할 수 있는 3D 나노프린팅 펜에 관한 것이다.본 발명의 실시 형태에 따른 3D 나노프린팅 펜은, 히드로겔, 물 및 전해질로 이루어지고 뾰족한 꼭지점을 갖는 피라미드 형상의 피라미드부를 포함하고, 상기 히드로겔은 상기 피라미드부의 구조를 형성하고, 상기 물 및 상기 전해질은 상기 히드로겔로 이루어진 상기 피라미드부에 스며들어 있고, 상기 피라미드부의 꼭지점 부분이 작업 전극과 접촉하면, 상기 피라미드부의 꼭지점 부분은 압축된다.