본 발명은 고온성 세균인 바실러스 스티아로더모필러스 SD-1(Bacillus stearothermophilus SD-1, KCTC 8551P)에서 유래한 내열성 D-히단토이나아제(D-hydantoinase)를 암호화하는 신규한 염기서열 및 그로부터 번역되는 아미노산 서열에 관한 것이다. 본 발명의 내열성 D-히단토이나아제는 공지의 상온균 및 고온균 유래의 어떤 효소와도 그 염기서열이나 아미노산 서열에 있어서 상이하며 특히, 카르복실기 말단의 아미노산 서열 T S T I S K Q S E E L T I을 특징적으로 갖고 있는 바, 이를 유전공학기술에 의해 대량 발현시켜, 의약품, 농약, 생리활성물질 등의 합성에 이용되는 D-아미노산의 제조에 효율적으로 사용한다.