반도체 소자 및 무선주파수 소자의 제조방법이 제공된다. 반도체 소자의 제조방법에 따르면, 바디, 상기 바디 상의 매몰 절연층 및 상기 매몰 절연층 상의 반도체층의 적층 구조를 갖는 복합 기판을 제공한다. 상기 매몰 절연층 및 상기 반도체층을 식각하여 적어도 하나의 트렌치를 형성한다. 상기 적어도 하나의 트렌치 내의 상기 바디 상에 인버젼 방지층을 형성한다. 상기 적어도 하나의 트렌치를 채우도록 상기 인버젼 방지층 상에 매립 보호층을 형성한다. 상기 적어도 하나의 트렌치 밖의 상기 반도체층 상의 상기 인버젼 방지층의 제 1 부분은 제거되고, 상기 적어도 하나의 트렌치 내의 상기 인버젼 방지층의 제 2 부분은 상기 매립 보호층에 의해서 보호되도록, 상기 매립 보호층 및 상기 인버젼 방지층을 평탄화한다.