본 발명의 실시예에 따른 약물 반응 유전자 발현 특성을 이용한 약물 재창출 방법은 공개 약물 반응 유전자 발현 DB로부터 분석 가능한 약물 반응 유전자 발현 데이터를 선별하는 단계, 상기 선별된 약물 반응 유전자 발현 데이터에서 유의한 유전자 발현을 보이는 약물 반응 유전자를 선정하는 단계, 상기 선별된 약물 반응 유전자 발현 데이터에서 유의한 연관성을 보이는 약물 반응 유전자 셋을 선정하는 단계, 그리고 상기 유의한 유전자 발현을 보이는 약물 반응 유전자와 상기 유의한 연관성을 보이는 약물 반응 유전자 셋을 이용하여 약물간 유사성을 평가하여 약물 유사성 값을 출력하는 단계를 포함한다.