본 발명의 과초산을 이용한 광생물반응기의 멸균 및 분해반응은 광생물반응기의 내부 및 배관을 과초산으로 채우고 반응시켜 살균하는 단계와, 광생물반응기를 살균한 후에 광생물반응기에 FeCl3와 HEPES을 첨가하는 단계와, 광생물반응기내에서 이들을 반응시켜 과초산과 그 반응물을 최종적으로 완전분해시킨 후, 초산, 물, 산소로 분해시키는 단계와, 광생물반응기에 농축된 배지(BG11)를 첨가하여 순수배양하는 단계로 구성된다.본 발명은 공정단축, 세척수 절감 및 자원을 재활용할 수 있으며, 환경친화적인 미세조류 배양시스템 및 멸균공정을 제공하므로 산업상 이용가능성이 크다.