본 발명은 비바이러스성 유전자편집 CRISPR 나노복합체, 그의 제조방법 등에 관한 것이다. 본 발명에 의한 비바이러스성 유전자편집 CRISPR 나노복합체는 수 나노미터~수 마이크론 단위의 크기이고, 외부의 물리적인 자극 없이 세포내 전달이 가능하고, 세포의 표적유전자에 대해 비바이러스성 경로에 의한 유전자편집에 유용하게 활용할 수 있다. 결과적으로 상기 CRISPR 나노복합체를 동물모델 제작, 미생물공학, 질병 치료를 위한 세포공학 또는 생체 투여 제형에 이용할 경우, 높은 세포내 전달 및 유전자편집 효율을 보이고, 비특이적 편집, 유전자변이, 세포 및 생체독성 유발 등의 문제를 최소화할 수 있다.