본 발명은 내재성 프로모터, 엽록체 표적 서열 및 클라미도모나스 레인하드티 유래 클로로필라이드 a 옥시게나제 코딩 유전자가 순차적으로 연결된 것을 특징으로 하는 미세조류 엽록체 표적용 재조합 벡터, 상기 재조합 벡터로 미세조류 세포를 형질전환하여 바이오매스와 지질 생산성이 증가된 형질전환 미세조류의 제조방법, 상기 방법에 의해 제조된 형질전환 미세조류, 상기 재조합 벡터를 유효성분으로 포함하는 미세조류의 바이오매스 및 지질의 생산성을 증가시키기 위한 조성물, 상기 형질전환 미세조류를 배양하여 지질을 생산하는 방법 및 상기 형질전환 미세조류를 이용한 바이오디젤의 제조 방법에 관한 것이다.