공개되는 바이오 시뮬레이션 방법은, 한 개 이상의 셀-객체, 셀-환경, 및 바이오-시뮬레이션 규칙을 이용하여 바이오-시뮬레이션을 시작하는 시작한다. 이때, 각각의 셀-객체가 표현하는 라이프-사이클은 대응되는 셀-규칙에 의해 결정된다. 이 방법은, 사용자 인터럽트를 받아 바이오-시뮬레이션을 일시적으로 중지하는 단계; 사용자 코드를 입력받아 대응하는 셀-규칙들 중 하나 이상을 변경하는 단계; 바이오-시뮬레이션 프로그램에 포함되어 있는 임베디드 컴파일러를 이용하여 사용자 코드를 컴파일함으로써 변경된 셀-규칙을 바이오-시뮬레이션에 반영하는 단계를 포함한다.