눈동자 반응을 이용한 사용자 인증 시스템 및 방법이 개시된다. 눈동자 반응을 이용한 사용자 인증 시스템은 시각 자극에 따른 사용자의 눈동자 반응을 이용하여 사용자를 예측하는 제어부; 및 사용자 정보를 저장하는 저장부를 포함하고, 상기 제어부는, 상기 사용자에게 시각 자극을 제시하는 시각 자극 제시부; 상기 제시된 시각 자극에 따른 상기 사용자의 눈동자 반응을 획득하는 눈동자 반응 획득부; 상기 획득된 눈동자 반응을 기초로 상기 사용자의 시선을 추적하여 얻은 사용자 눈동자 반응 정보로부터 추출된 사용자 특징을 상기 저장부에 저장된 정보와 비교하여 사용자를 예측하는 사용자 예측부; 및 상기 시각 자극 제시부, 눈동자 반응 획득부 및 사용자 예측부 중 적어도 하나 이상으로부터 획득된 결과에 따라 새로운 시각 자극을 결정하는 시각 자극 결정부를 포함한다.