본 발명은 엘-아라비노스 기반의 엘-리보스 제조방법에 관한 것으로, 보다 구체적으로는 아라비노스를 포함한 배지에서 아라비노스로부터 엘-리보스 생산경로가 도입된 제1미생물을 배양하여 엘-리보스를 생성시키는 단계; 상기 배양 배지에서 제1미생물을 제거한 다음, 엘-리불로스 대사경로가 도입되어 있는 제2미생물을 접종하고 배양하여, 엘-아라비노스 및 엘-리불로스를 소모시킨 다음, 생성된 엘-리보스를 회수하는 단계를 포함하고 있다. 본 발명에 따른 엘-리보스 생산방법은 엘-리보스를 제외한 모든 당류를 대사에 사용하여 제거하므로, 발효산물에서 고순도의 엘-리보스를 생산할 수 있는 효과가 있으며, 상기 생산된 리보스는 다양한 엘-형태 핵산당 의약품들의 합성 시작물질로서 의약품 등의 제조 시 유용하게 사용될 수 있어 유용하다.