컴퓨터 기반의 생물학적 시스템 정보 처리 장치 및 방법이 제공된다. 여기서, 장치는 컴퓨터 기반의 생물학적 시스템 정보 처리 장치로서, 자연어로 이루어진 생물학적 문서를 수집하는 수집부, 상기 생물학적 문서를 파싱하는 구문 분석부, 그리고 상기 파싱된 생물학적 문서로부터 생물학적 시스템을 나타내는 색인 어휘를 추출하고, 상기 색인 어휘들을 온톨로지 구조화하여 저장하는 색인 처리부를 포함하고,상기 생물학적 시스템은, 생물체가 가진 특징, 형태, 사회적 기능, 생물체 내부의 조직이 가지는 내부적 프로세스 및 기능 중에서 적어도 하나를 포함한다.