본 발명은 불연속 나노구조물 제조방법에 관한 것으로, 일측 표면에 나노구조를 갖는 고분자 탄성중합체 스탬프 및 전사하고자 하는 기판을 준비하는 단계; 나노구조를 갖는 고분자 탄성중합체 스탬프 및 기판의 상부 표면을 활성화시키는 단계; 표면이 활성화된 나노구조를 갖는 고분자 탄성중합체 스탬프를 기판 상부 면에 낮은 압력으로 가압하여 두 표면을 접합하는 단계; 접합된 나노구조를 갖는 고분자 탄성중합체 스탬프와 기판을 높은 침투 특성을 갖는 유기용매에 침지하는 단계; 인장응력을 가해줌과 동시에 접합된 구조의 결합을 분리하는 단계;를 포함하는 불연속 나노구조물 제조방법을 제공한다.