본 발명은 공초점 현미경 및 이를 이용한 영상 처리 방법에 관한 것으로, 본 발명의 실시예에 따른 공초점 현미경은 서로 다른 파장을 갖는 적어도 두 개의 레이저 광원을 촬영 부위로 출력하고, 상기 촬영 부위로부터 반사된 빛을 공초점 방식으로 스캐닝하여 2차원 영상을 획득하는 촬영부, 상기 촬영 부위에 침습하여, 상기 촬영부에서 출력한 광을 상기 촬영 부위에 전달하고, 상기 촬영 부위로부터 반사된 빛을 상기 촬영부로 전달하는 광학 프로브, 그리고 상기 촬영부의 렌즈와 상기 광학 프로브를 결합시키고, 상기 광학 프로브의 이동을 제어하는 결합부를 포함한다.