본 발명은 연료전지용 팔라듐-백금 코어-쉘 촉매의 제조방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 팔라듐 코어 위에 에피택시얼(epitaxial)하게 성장한 백금 쉘 나노입자를 합성하고 이를 탄소지지체에 담지하여 수소연료전지용 팔라듐-백금 코어-쉘 촉매를 제조함으로써 균일한 크기로 대량 생산이 가능하며, 고가의 금속 사용량을 감소시켜 제조단가를 낮출 수 있고, 우수한 전기촉매적 활성과 내구성 가지는 고효율의 수소연료전지 분야에 적용할 수 있는 연료전지용 팔라듐-백금 코어-쉘 촉매의 제조방법에 관한 것이다.