본 발명은 전자동 유전자 판별방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 전자동으로 검출대상균의 유전자를 신속하게 판별할 수 있도록 하기 위한 전자동 유전자 판별방법에 관한 것이다. 본 발명의 구성은 a) 검출대상균을 농축하는 단계; b) 농축된 상기 검출대상균으로부터 유전자를 추출하는 단계; c) 추출된 상기 유전자와 PCR버퍼를 혼합하여 혼합PCR용액을 형성하는 단계; d) 형성된 상기 혼합PCR용액을 증폭기에 정량 주입하는 단계; e) 정량 주입된 상기 혼합PCR용액에 대한 중합효소 연쇄반응(PCR)을 통해 상기 유전자를 증폭하여 증폭용액을 형성하는 단계; f) 상기 증폭용액과 신호물질을 혼합하여 혼합물질을 형성하는 단계; 및 g) 형성된 상기 혼합물질의 전류량을 측정하여 상기 유전자를 판별하는 단계를 포함하는 전자동 유전자 판별방법을 제공한다.