본 발명은, 기존의 공초점 현미경에, 시편으로부터의 반사 또는 형광 광선을 편광시키기 위한 제 1 편광판; 상기 제 1 편광판을 통과한 광선을 편광 방향에 따라 두 개의 광선으로 분리하기 위한 제 1 복굴절 파장판; 상기 제 1 복굴절 파장판에서 분리된 두 개의 광선을 편광시키기 위한 제 2 편광판; 상기 제 2 편광판을 통과한 두 개의 광선을 편광 방향에 따라 네 개의 광선으로 분리하기 위한 제 2 복굴절 파장판; 및 상기 제 2 복굴절 파장판에서 분리된 네 개의 광선을 편광시키기 위한 제 3 편광판;을 포함하는 자가 간섭 광학계; 및 상기 자가 간섭 광학계를 통과한 광선의 통과 영역을 제한하기 위한 조리개;를 더 포함하고, 상기 제 1 및 제 2 복굴절 파장판의 광축은 동일 평면에 존재하며, 상기 제 1 및 제 2 복굴절 파장판의 광축은 전체 광학계의 광축으로부터 소정의 각도 기울어지고; 그리고 상기 제 1 및 제 2 복굴절 파장판의 자가 간섭 주기는 서로 다른 것을 특징으로 하는 공초점 자가 간섭 현미경을 제공한다.