칩의 성능 향상을 위하여 선택적으로 패터닝된 마스크 셋과 마스킹 마스크를 이용한 스트럭처드 ASIC의 레이어 리소그래피 방법이 개시된다. 스트럭처드 ASIC의 레이어를 웨이퍼에 리소그래피 하는데 사용하는 서로 다른 M(M은 2 이상의 자연수) 개의 마스크 셋을 제작한다. 미리 디자인된 스트럭처드 ASIC에 따라 마스크 셋들의 일부분을 웨이퍼에 리소그래피 하는데 사용하는 서로 다른 N(N은 M보다 작거나 같은 2 이상의 자연수) 개의 마스킹 마스크를 제작한다. N 개의 마스킹 마스크 중 제1 내지 제N 마스킹 마스크와 제1 내지 제N 마스킹 마스크에 대응하는, M 개의 마스크 셋에서 제1 내지 제N 마스크 셋을 제1 내지 제N 마스크 쌍으로 하고, 제1 마스크 쌍을 사용하여 제1 마스크 셋의 일부분을 웨이퍼에 선택적으로 리소그래피 한다. 제2 내지 제N 마스크 쌍을 사용하여 제2 내지 제N 마스크 셋의 일부분을 웨이퍼에 선택적으로 리소그래피 한다.