본 발명은 재조합 대장균을 이용하여 만니톨을 함유하는 해조류 당화액으로부터 에탄올을 생산하는 방법에 관한 것이다. 상기 만니톨을 함유하는 해조류 당화액으로부터 에탄올을 생산하는 방법은 (a) 갈조류를 포함하는 해조류를 전처리하는 단계; (b) 상기 전처리된 해조류를 당화시켜 만니톨을 함유하는 해조류 당화액을 제조하는 단계; 및 (c) 상기 해조류 당화액에 피루브산 탈카르복실산 효소(pyruvate decarboxylase)를 코딩하는 유전자(pdc) 및 알코올 탈수소화 효소(alcohol dehydrogenase)를 코딩하는 유전자(adh)가 도입된 재조합 대장균을 접종하고, 배양하여 에탄올을 생산하는 단계를 포함한다. 본 발명에 따른 만니톨을 함유하는 해조류 당화액으로부터 에탄올을 생산하는 방법은 해조류의 종류에 구애받지 않고, 해조류로부터 에탄올을 생산할 수 있으므로, 해조류를 이용한 생물연료 생산에서 경제성을 향상시킬 수 있다.