본 발명은 (a) 외피로 코팅된 구조체를 염용액에 균일하게 분산시키는 단계; (b) 상기 단계 a의 결과물을 액적화하여 공기중에 분산시키는 단계; (c) 단계 b의 결과물 중 액적을 구성하는 용매는 증발시켜 제거하고, 염은 결정으로 석출시키는 단계; (d) 구조체의 제거 및 외피의 결정화가 가능한 온도로 단계 c의 결과물을 유지시켜 공중입자를 제조하는 단계; 및 (e) 단계 d의 결과물로부터 염을 제거하는 단계를 포함함을 특징으로 하는 공중입자의 제조방법을 제공한다. 상기 구성에 의하면 기존 액상법의 구조체 제거에서부터 후열처리 공정에 이르는 다단계의 공정을 단일 공정화하였으며, 각 공정에서 수반되는 폐수량을 최소화할 뿐만 아니라, 스케일 업(Scale-up)을 통해 공중입자의 대량생산이 매우 용이하다.