본 발명은 항균 펩타이드의 대량 제조방법에 관한 것으로, 유전자 조작을 통하여 염기성의 항균 펩타이드(basic antimicrobial peptide)와 산성 펩타이드(acidic peptide)의 융합 유전자의 중합체를 제조하고, 그를 숙주 미생물에서 발현시킴으로써, 발현된 산성 펩타이드가 항균 펩타이드의 염기성을 중화시켜 항균 펩타이드의 항균력을 일시적으로 소거할 수 있어 숙주 미생믈의 사멸을 방지하여, 재조합 미생물로부터 항균 펩타이드를 대량으로 생산하는 방법에 관한 것이다.