본 발명의 황화수소 제거방법은 헤테로폴리산 또는 그 염을 매개로 하여 황화수소를 제거하는 방법에 관한 것으로서, 황화수소가 산화형 헤테로폴리산 또는 그 염 수용액에 흡수 및 산화되는 단계를 포함하며, 상기 흡수 및 산화 단계에서 환원된 환원형 헤테로폴리산 또는 그 염을 전기화학적으로 재생하는 연료전지를 포함함으로써, 기존의 철-EDTA를 이용한 황화수소 공정에서 우려되는 분해 문제를 해결할 뿐 아니라 전기를 생산하도록 한 단계 발전시킨 효과가 있다.