본 발명에 따른 미세채널에 플라즈모닉 구조를 선택적으로 갖는 미세유체칩을 제조하는 방법은 제1기판의 표면에 미세채널을 형성하는 미세채널 형성 단계; 상기 제1기판의 표면에 금속 박막을 증착하는 금속 박막 증착 단계; 상기 제1기판의 표면 중 미세채널이 위치하는 부분을 제외한 나머지 부분에 증착된 금속 박막에 점착용 테이프를 부착하여 박리하는 금속 박막 박리 단계; 상기 제1기판의 표면과 제2기판의 표면을 산소 플라즈마로 처리하여 상기 제1기판에서 금속 박막이 박리된 부분을 화학적으로 변화시키고 상기 제1기판의 표면에 증착된 금속 박막에 플라즈모닉 구조를 형성하고 상기 제2기판의 표면을 화학적으로 변화시키는 플라즈마 처리 단계; 및 상기 제1기판의 표면에서 화학적으로 변화된 부분을 상기 제2기판의 표면에서 화학적으로 변화된 부분에 부착하는 제1기판 부착 단계;를 포함하는 것을 특징으로 한다.