본 발명은 코어-쉘 구조의 그래핀 양자점 및 그 제조 방법에 관한 것으로서, 보다 구체적으로는 액상의 캡핑제에 그래핀 양자점 용액을 혼합하여 그래핀 양자점에 캡핑제를 코팅한 후, 소정의 온도에서 화합물반도체 용액을 일정한 비율로 투입하면서 쉘을 생성한 코어-쉘 구조의 그래핀 양자점 및 그 제조방법에 관한 것이다.본 발명은 (a) 그래핀 양자점의 표면에 코팅되어 그래핀 양자점을 유기 용매에 용해시킬 수 있는 액상의 캡핑제에 그래핀 양자점 용액을 혼합한 후, 제1온도로 가열하여 상기 그래핀 양자점 용액의 용매를 제거하고 그래핀 양자점을 상기 캡핑제로 코팅하는 단계; 및 (b) 추가로, 2족 내지 6족 원소들로 구성되는 화합물 반도체 용액을 단위 시간당 소정의 비율로 투입하면서 제2온도에서 혼합시켜, 상기 그래핀 양자점의 표면에 상기 화합물 반도체로 쉘을 형성시키는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 코어-쉘 구조의 그래핀 양자점의 제조방법을 개시하며, 본 발명에 의하여, 액상의 캡핑제에 그래핀 양자점 용액을 혼합하여 코팅한 후, 화합물 반도체 용액을 혼합시켜 쉘을 생성한 코어-쉘 구조의 그래핀 양자점을 제조함으로써, 높은 양자 효율(quantum yield)과 개선된 용해성(solubility)을 가질 수 있으며, 나아가 다양한 종류의 쉘 및 리간드를 포함하여 코어-쉘 구조를 구성할 수 있는 코어-쉘 구조의 그래핀 양자점 및 그 제조 방법을 구현하는 효과를 갖는다.