본 발명은 하이컨텐트 스크리닝을 위한 공초점 형광 현미경에 관한 것으로, 파장이 각각 다른 광을 제공하는 광원부, 상기 광원부에서 방출되는 서로 다른 파장을 갖는 광의 색수차를 보정하여 콜리메이팅하는 콜리메이터, 상기 광원부로부터 제공받은 광을 대상물에 조사하고, 이를 통해 대상물에서 방출되는 형광신호를 획득하는 현미경부, 상기 현미경부에서 반사되는 대상물의 형광신호를 분광시키는 AOTF, 상기 광원부에서 상기 현미경부로 광을 제공할 때 AOTF를 통과한 광을 집광시켜주는 포커서, 상기 현미경부를 통해 대상물에 조사된 후 방출된 광을 이용하여 포커싱하는 포커싱부 및 상기 현미경부에서 검출된 대상물의 형광신호를 검출하는 적어도 하나 이상의 검출부를 포함하여 구성되며, 상기 광원부와 콜리메이터, AOTF, 포커스, 현미경부는 광섬유로 연결되는 것을 특징으로 한다.