본 발명은 미생물로부터 항균 펩타이드(antimicrobial peptide)를 효과적으로 생산할 수 있는 유전자 구조물 및 이를 이용하여 항균 펩타이드를 효과적으로 대량생산 및 분리하는 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따른 유전자 구조물에는 하나의 프로모터 하에 상반된 전하 값(charge)을 지닌 산성(acidic) 펩타이드와 염기성(basic)의 항균 펩타이드를 코딩하는 두 개의 독립된 시스트론(cistron)이 번역동반(translational coupling) 상태로 존재한다. 번역동반된 산성 펩타이드와 염기성 항균 펩타이드는 발현과 동시에 서로 전기적으로 결합(charge-charge interaction)하여 항균 펩타이드의 세포 독성을 중화시켜, 항균 펩타이드에 의한 숙주 미생물의 사멸을 방지할 수 있다. 뿐만 아니라, 화학물질 또는 효소에 의한 분해 없이 결합된 산성 펩타이드와 항균 펩타이드를 분리할 수 있어 재조합 미생물로부터 항균 펩타이드를 손쉽게 대량으로 생산할 수 있다. 항균 펩타이드, 대량발현, 번역동반(translational coupling), 산성 단백질