본 발명은 거북이의 개체식별을 위한 표식 방법에 관한 것으로, 본 발명에 따른 거북이의 개체식별을 위한 표식 방법은 다수의 등딱지로 이루어진 거북이의 등껍질의 최외곽 등딱지 중 어느 하나를 기준 등딱지로 설정하는 제 1 단계, 상기 기준 등딱지로부터 시계방향 또는 반시계방향으로 연속하는 소정 개수의 최외곽 등딱지에 순서대로 2진수의 각 자릿수를 할당하는 제 2 단계, 해당 거북이의 2진수 식별 번호와 대응되는 위치에 있는 최외곽 등딱지에 구멍을 뚫어 식별 번호를 표시하는 제 3 단계를 포함하여 이루어져, 거북이 등껍질의 등딱지에 2진수를 표시함으로써, 실험에 사용되는 다양한 거북이 개체들에 안전하고 영구적으로 표식을 할 수 있으며, 또한 등딱지에 표시된 표식을 보고 용이하게 개체를 식별할 수 있는 효과가 있다.