Xanthomonas campestris pv. badrii 5S rRNA의 고차원 구조

Abstract

Xanthomonas campestris pv. badrii로부터 5S rRNA를 얻어서 효소적 방법 및 화학적 방법으로 일차구조와 이차구조를 결정하고, 그 고차원 구조를 분석하였다. 이 5S rRNA는 120개의 누클레오티드로 구성되어 있는 주분자종과, 3’-말단의 우라실 누클레오티드 하나가 결실되어 119개의 누클레오티드로 구성되어 있는 소수분자종이 있었다. 결실된 부분을 제외하고는 5S rRNA 분자의 나머지 부분의 염기서열은 완전히 동일하다. 이 5S rRNA에는 변형된 누클레오시드가 없다. X. badrii의 5S rRNA의 이차구조는 이미 우리가 보고한 네 가지 Xanthomonas 종들의 것들과 거의 유사하다. 다만, 66번 위치에 있는 내밀린 구조가 다른 네 가지 Xanthomonas종들의 5S rRNA의 경우 우리딘 잔기로 이루어져 있는데 반하여, 이 5S rRNA의 경우에는 아데노신 잔기로 이루어져 있는 것이 다르다. 황산 이메틸, 피로탄산 이에틸, Fe(II)-EDTA 등의 화학탐침들을 사용하여 5S rRNA의 고차원 구조를 분석하였다. c 고리는 d 고리 또는 a 고리 둘 중의 하나와 선택적으로 상호작용하거나, 아니면 c 고리는 d 고리와 a 고리에 동시에 상호작용하는 것으로 추론된다. 삼차상호작용이 가능하려면 고리 b는 5S rRNA의 접힘에서 돌쩌귀의 역할을 할 것으로 추정된다.