본 발명은 전자동 유전자 분석장치 및 이의 작동방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 미세액적을 생성하고, 유전자를 검출하는 과정을 전자동으로 수행하도록 하기 위한 전자동 유전자 분석장치 및 이의 작동방법에 관한 것이다. 본 발명의 구성은 미세액적을 생성하고, 상기 미세액적 내 유전자를 검출하도록 마련된 핵심구동모듈을 포함하며, 상기 핵심구동모듈은, PCR시약 및 유전자가 포함된 시료 및 오일을 제공받아 상기 미세액적을 생성하도록 마련된 멀티밸브유닛; 상기 멀티밸브유닛으로부터 상기 미세액적을 제공받아, 상기 미세액적 간 간격을 증가시키도록 마련된 싱귤레이터유닛; 상기 싱귤레이터유닛으로부터 배출된 상기 미세액적 내 유전자를 검출하도록 마련된 광학유닛을 포함하는 것을 특징으로 하는 전자동 유전자 분석장치를 제공한다.