엔진 시스템 제어 장치는, 엔진, 터빈 및 컴프레서를 가지며 상기 터빈에 형성된 베인의 각도 조정을 통해 상기 엔진으로 공급되는 과급압력을 조절하는 가변 터보차저 및 재순환되는 배기가스의 양을 조절하는 EGR 밸브를 포함하는 엔진 시스템에 있어서, 엔진 회전속도 및 연료량에 기초하여 목표 과급압력 및 목표 공기량을 결정하는 목표값 결정부, 상기 목표 과급압력 및 상기 목표 공기량에 기초하여 목표 EGR 유량을 계산하고 상기 계산된 목표 EGR 유량에 따른 EGR 밸브의 개도량을 도출하는 EGR 밸브 제어부, 및 상기 목표 과급압력에 기초하여 상기 계산된 목표 EGR 유량을 파라미터로 이용하여 슬라이딩 모드 제어를 수행하여 목표 컴프레서 파워 및 목표 터보차저 유량을 계산하고 상기 계산된 목표 터보차저 유량에 따른 터빈 베인의 개도량을 도출하는 터보차저 제어부를 포함한다.