본 발명은 미세유로 제어시스템 및 이의 제어방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 복수의 미세유체채널에 대한 시료용액의 주입여부를 동시에 제어하여 신속하고 정확하게 타겟물질을 측정하기 위한 미세유로 제어시스템 및 이의 제어방법에 관한 것이다. 본 발명의 구성은 다채널 미세유로 측정장치의 미세유로 제어시스템에 있어서, 하나 이상으로 마련된 미세유체채널에 버퍼용액을 주입하는 버퍼모듈; 상기 미세유체채널에 시료용액을 주입하며, 하나 이상으로 마련된 주입모듈; 상기 버퍼모듈로부터 주입된 버퍼용액 및 상기 주입모듈로부터 주입된 상기 시료용액의 흐름을 제어하도록 마련된 밸브모듈; 및 상기 버퍼용액 및 상기 시료용액을 배출할 수 있도록 마련된 배출모듈을 포함하며, 상기 밸브모듈은 복수의 밸브를 포함하며, 상기 복수의 밸브는 설정된 미세유체채널에 상기 버퍼용액 및 시료용액이 주입되도록 순차적으로 자동 개폐되는 것을 특징으로 하는 미세유로 제어시스템을 제공한다.