본 발명은 유전자 판별칩용 믹서장치 및 이를 이용한 PCR버퍼와 유전자 혼합방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 PCR버퍼와 유전자가 효율적으로 혼합되도록 하기 위한 유전자 판별칩용 믹서장치 및 이를 이용한 PCR버퍼와 유전자 혼합방법에 관한 것이다. 본 발명의 구성은 검출대상균으로부터 추출된 유전자와 PCR버퍼가 수용되어 혼합되는 믹서주챔버부; 및 상기 믹서주챔버부와 연결되며, 상기 믹서주챔버부에 수용된 상기 유전자 및 상기 PCR버퍼를 수용할 수 있도록 마련되는 믹서보조챔버부를 포함하며, 상기 유전자와 상기 PCR버퍼는 상기 믹서보조챔버부와 상기 믹서주챔버부를 왕복하면서 혼합되도록 마련되는 것을 특징으로 하는 유전자 판별칩용 믹서장치를 제공한다.