본 발명은 폐수를 활용한 수압펌프식 양변기 시스템 및 그 작동방법에 관한 것으로, 폐수를 저장하기 위한 폐수 저장부; 수돗물을 저장하는 수돗물 탱크와 상기 폐수 저장부로부터 공급된 폐수를 저장하기 위한 폐수 탱크로 구획된 물탱크; 수돗물 공급관과 연결되어 상기 물탱크의 수돗물 탱크로 수돗물을 공급하기 위한 수압 펌프; 상기 폐수 저장부에 저장된 폐수를 상기 물탱크의 폐수 탱크로 공급하기 위한 폐수 펌프: 및 상기 물탱크의 폐수 탱크에 연결된 물탱크 배수관을 통해 공급되는 폐수를 배수시킨 후 상기 수돗물 탱크로부터 상기 폐수 탱크를 경유하여 상기 물탱크 배수관을 통해 공급되는 수돗물에 의해 채워지는 양변기를 포함한다.