폰툰, 공기주입 밸브, 공기배출 밸브, 및 해수 유출입구를 포함하고, 상기 공기 또는 해수가 함유되는 정도에 따라 조절되는 부력의 변화에 의하여 부상 또는 침강함으로써 해상의 파랑을 제어하는 폰툰 어셈블리와, 해저의 설치면에 제공되어 상기 폰툰 어셈블리가 격납되는 베이스와, 상기 내부 공간에 공기를 공급하기 위한 공기공급 유닛을 포함하는 파랑제어 시스템을 제공한다. 본 발명에 의한 파랑제어 시스템에 따르면 폰툰과 유연막을 포함하는 폰툰 어셈블리를 평상 시에는 해저에 격납시키되 필요 시 부상시켜 파랑을 감소시킬 수 있다.