본 발명은 부탄올 생성능이 증가된 재조합 미생물 및 이를 이용한 부탄올의 제조방법에 관한 것으로서, 더욱 상세하게는 대사회로의 조작을 통하여 부탄올 생성능이 증가된 재조합 미생물 및 이를 이용한 부탄올의 제조방법에 관한 것이다. 본 발명에 따른 부탄올 생성능이 증가된 재조합 미생물은 아세틸코에이(acetyl CoA) 및 부티릴코에이(butyryl CoA)로의 생합성 경로에 관여하는 효소들을 코딩하는 유전자를 가지는 숙주 미생물에서, 아세틸코에이(acetyl CoA)를 아세테이트로 전환하는 효소를 코딩하는 유전자가 결실되어 있는 것을 특징으로 한다. 미생물의 대사흐름 조작에 의해 수득된 본 발명에 따른 재조합 미생물은 부탄올을 선택적으로 고효율로 생성할 수 있어, 산업 용제 및 수송 연료 생성 미생물로 유용하다.