본 발명의 실시예를 형광 물질 영상화를 위해 형광 공명 에너지 전이 현상을 이용하는 방법과 그 시스템에 관한 것이다. FRET 현상을 이용한 형광 물질 영상화 방법에 있어서, 적절한 FRET(Fluorescence resonance energy transfer) 페어를 선정하고 적합한 현미경 환경을 설정하는 단계; 관찰하고자 하는 시편에 FRET 페어 중 도너(Donor)를 주입하는 단계; 도너 주위에 FRET 페어 중 억셉터(Acceptor)가 존재하도록 주입하거나 발현시키는 단계; FRET 페어를 주입한 시편의 발광 신호를 촬영하는 단계; 및 발광 신호를 분석하여 형광 영상을 생성하는 단계를 포함하는 형광 물질 영상화 방법이 제공될 수 있다.