본 발명은 해조류 유래의 갈락탄을 이용한 5-하이드록시메틸 플루프랄 및 갈락토오즈의 생산방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 막분리 공정을 이용한 고수율의 5-하이드록시메틸 플루프랄 및 갈락토오즈의 생산방법으로, 상기 본 발명에 따른 생산방법은 값싼 해조류의 이용 뿐 아니라 제조공정에 있어서도 기존 방법에 비해 훨씬 경제적이고 효율적인 장점이 있으며, 갈락탄의 가수분해물로부터 나노여과 막분리 공정과 전기투석 막분리 공정을 순차적으로 적용함으로써 5-하이드록시메틸 플루프랄 뿐 아니라 이의 부산물인 갈락토오즈를 고효율로 수득할 수 있는 장점이 있다.